Excelente artículo de Dan York explicando la arquitectura de Skype y el problema que desde ayer está afectando el servicio y que puede resumirse simple: en cualquier red hay supernodos, atacá los suficientes y la red completa va a ser vulnerable
En el caso de Skype estos supernodos, que son PCs distribuídas alrededor de Internet, básicamente manejan los directorios o listas de usuarios y al caer los suficientes, empiezan a darle prioridad al resto haciendo que los usuarios "comunes" no tengan posibilidad de registrarse en la red porque "desaparecieron" de esos directorios.
Para poner una analogía muy básica, por más que Internet es distribuído y nadie podría frenar a un Skynet... tiren abajo solo 10 servers, pero que sean los Root nameserver basados en USA y van a ver la resistencia de la arquitectura de Internet a caídas :)
En definitiva, el mejor consejo, ahora entienden porque VoIP no es TelefoníaIP y cual es la diferencia entre un servicio para consumidores y uno corporativo ;)